2022年3月《中华实用儿科临床杂志》发表了《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》，共识中提到“对于儿童呼吸道感染，对于病因不明、病情危重、疑似新发或特殊病原体感染、传统微生物检测多次阴性且治疗效果不佳等情况下，可对样本进行mNGS分析，以高效获取感染病原体的信息”，那么，mNGS在儿科感染领域的临床效用究竟如何？
本期时新文献为您探讨mNGS在发热性中性粒细胞减少症(FN)血液病患儿中的应用价值，评估mNGS作为儿童不明原因脑炎的诊断工具，分析在侵袭性肺炎链球菌病(IPD)儿童血液、脑脊液和胸腔积液样本中，mNGS的敏感性和特异性，以及检测时间对预后和成本的影响，还通过回顾性研究客观评判mNGS对现实世界的影响，此外还推荐mNGS作为免疫出生错误(IEI)儿童干细胞移植(SCT)前感染性病原体的无创筛查手段。儿童感染领域新进展精彩纷呈，请您查阅~
01. 儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识
发表杂志：2022年3月《中华实用儿科临床杂志》
作者单位：国家儿童医学中心、深圳市儿童医院感染科、中国医学科学院&北京协和医学院病原生物学研究所、温州医科大学附属第二医院育英儿童医院儿童呼吸科等
3月13日，《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》正式发布，作为全球首个以儿童为主、涵盖全面的呼吸道感染病原学诊断应用标准，具有极其重要的学术引导价值。此次专家共识的撰写组成员汇聚了目前儿科临床、检验、疾控及微生物学和分子生物学界的诸多权威专家，从基础理论到临床实践，从检测技术到诊疗方案均进行了深入浅出的解读，为广大儿科医生在诊疗儿童呼吸道感染患儿时提供依据和指导。
摘要：
急性呼吸道感染是儿童最常见的感染性疾病，严重威胁儿童生命健康。快速准确的病原学诊断对于该类疾病的临床诊疗及防控具有重要意义。核酸检测方法因具有较高的灵敏度和特异性，得以快速地在临床推广应用，成为呼吸道感染病原体诊断的主要方法。为规范儿童呼吸道感染病原体核酸检测的临床应用，提升病原体的诊断水平，特组织相关领域专家，撰写《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》，以指导儿童呼吸道感染病原体的核酸检测，整体提升儿童呼吸道感染病原体的诊断能力。
共识从5个方面进行阐述：(1)呼吸道病原体核酸检测方法；(2)呼吸道病原体核酸检测推荐人群；(3)呼吸道病原体核酸检测的标本类型及选择；(4)呼吸道病原体核酸检测结果解读及注意事项；(5)核酸检测结果对临床用药指导价值，最后列举儿童呼吸道感染主要病原体的流行特征及临床表现。
关键词：儿童；急性呼吸道感染；病原体；核酸检测；共识
02. mNGS识别发热性中性粒细胞减少性血液病患儿的病原体
题目：
发表杂志：2022年3月《Int J Infect Dis》
IF:3.623
作者单位：河北省儿童医院感染科
摘要：
目的：探讨宏基因组二代测序(mNGS)在发热性中性粒细胞减少症(FN)血液病患儿中的应用价值。
方法：回顾性分析49例血液病FN患儿的临床资料，比较mNGS与传统病原体检测(TPD)的结果及mNGS阳性组和阴性组的预后。
注：用mNGS和TPD检测的致病微生物
结果：共鉴定出77株病原菌，其中mNGS检出70株，TPD检出19株，曲霉菌和G-菌是FN患儿血流感染的主要菌株。mNGS阳性组共42例，其中单纯感染17例，混合感染25例，阴性组共7例；TPD阳性组共19例，均为单纯感染。mNGS总病原菌和混合病原菌检出率均高于TPD，差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS阳性组检测时间早于阴性组，死亡率和药物相关不良事件(DRAE)较低，差异有统计学意义(P<0.05)。
注：mNGS与TPD检测效率的比较
结论：对于血液病的FN患儿，早期mNGS可有效提高病原检测的疗效，明确病原后精准治疗可降低死亡率，避免抗生素滥用。
关键词：发热性中性粒细胞减少症(FN)；血液病；mNGS
03. mNGS在感染性疾病诊断中的应用：以儿科为重点的文献回顾
题目：
发表杂志：2021年12月《J Pediatric Infect Dis Soc》
IF:3.164
作者单位：芝加哥Lurie儿童医院儿科
摘要：
宏基因组二代测序(mNGS)是一种用于识别血液和其他临床样本中微生物DNA和/或RNA的新工具。面对日益复杂的患者和不断增长的已知潜在病原体列表，mNGS已被提议作为无偏性病原体鉴定的突破性工具。已经开始研究探索mNGS在各种环境下的临床适用性，包括心内膜炎、肺炎、发热性中性粒细胞减少症、骨关节感染和返回的旅行者。还通过回顾性研究评估了mNGS 对现实世界的影响，记录了不同程度的成功和局限性。在这篇综述中，我们将探讨临床mNGS文献的当前亮点，重点关注可用的儿科数据。
注：评估血浆mNGS对现实世界影响的回顾性研究的比较
关键词：传染病；mNGS；宏基因组；下一代测序；儿科
04.mNGS作为儿童不明原因脑炎诊断方式的前瞻性队列研究
题目：
发表杂志：2020年7月《J Pediatric Infect Dis Soc》
IF:3.164
作者单位：佐治亚州埃默里大学医学院儿科
摘要：
背景：脑炎是一种与儿童长期神经系统后遗症甚至死亡相关的大脑炎症性疾病。尽管通常与病毒有关，但在很多数情况下无法确定病因。基于宏基因组学的二代测序(mNGS)是一种高通量测序技术，可以增强对新型或少见病原体的检测。
方法：6个月至18岁的免疫功能正常且病因不明的脑炎住院儿童符合入组条件。获得人口统计学和临床信息，并对留存血液和脑脊液(CSF)样本进行mNGS检测。通过查询NCBIGenBank数据库的序列数据来鉴定病原体。
结果：2013年至2017年间前瞻性纳入20名儿童。脑脊液mNGS在6例患者中鉴定出7种显著的非人核酸序列，包括牛支原体、细小病毒B19、脑膜炎奈瑟菌和狒狒巴拉姆希阿米巴。mNGS还检测到枝孢霉属、烟草花叶病毒和人类博卡病毒，它们被认为是污染物或非致病性微生物。一名患者的加利福尼亚脑炎病毒血清学检测结果呈阳性，但mNGS并未检测到。与mNGS未确诊患者相比，mNGS确诊患者CSF白细胞计数显著升高，蛋白浓度更高，葡萄糖水平更低。
注：6例mNGS阳性患儿结果
讨论：①本研究的发现突出了重要的mNGS临床场景，对不明原因的儿童脑炎，mNGS可能比传统的诊断检测更有优势，比如无法进行病原体特异性PCR检测，或者涉及一种罕见或新出现的病原体。脑脊液mNGS在脑脊液显著异常(包括多细胞增多、蛋白浓度升高和低糖血症)患者中最有用。②我们的研究还强调了mNGS在下述情况下不是最佳诊断模式：如可归因于免疫介导所致脑炎，或在采样时CSF中不再存在病原体，或当病原体仅局限于脑实质时，抗体检测可能比脑脊液mNGS的更有效。
结论：我们在此描述了一项前瞻性队列分析的结果，以评估mNGS作为儿童不明原因脑炎的诊断工具。尽管mNGS检测到多种非致病性微生物，但它也成功地识别出多种病原体，并且对CSF异常的患者最有用。
关键词： 脑炎；宏基因组学；二代测序
05.宏基因组二代测序在儿童侵袭性肺炎链球菌病中的应用价值
题目：
发表杂志：2021年12月《Transl Pediatr》
IF:2.488
作者单位：河北省儿童医院感染科
摘要：
背景：通过回顾性分析，探讨在侵袭性肺炎链球菌病(IPD)儿童血液、脑脊液和胸腔积液样本中，宏基因组二代测序(mNGS)的敏感性和特异性，以及检测时间对预后和成本的影响。
方法：将2017年1月1日至2021年3月1日河北省儿童医院收治的IPD患儿根据临床症状和病变分为3组(第1组：菌血症；第2组：脑膜炎；第3组：胸膜炎)。以Alere BinaxNow ® 肺炎链球菌(S. pneumoniae)抗原检测和血培养为金标准，采用受试者工作特征(ROC)建立mNGS的诊断价值。
结果：本研究共纳入96例病例，包括第1组(n=65)、第2组(n=17)和第3组(n=14)。mNGS检测阳性率为62.5%(n=60)，总符合率为75.0%。发现延迟mNGS检测对30天存活率没有显着影响；而mNGS在疾病早期检测到的肺炎链球菌物种特异性读数较高，可显着降低住院天数和费用(P<0.05)。
注：病原体检测结果的比较
结论：mNGS对血液、脑脊液、胸腔积液样本中肺炎链球菌的鉴别敏感性和特异性均较高，且肺炎链球菌的序列数与发病至标本采集的时间间隔有关。早期mNGS检测对IPD儿童30天生存率没有显着影响，但可以降低住院费用和住院时间。
关键词：宏基因组二代测序(mNGS)；儿童；侵袭性肺炎链球菌病(IPD)
06.血浆宏基因组测序可加快IKBKB突变婴儿播散性BCG病的诊断
题目：
发表杂志：2022年1月《Pediatr Infect Dis J》
IF:2.129
作者单位：休斯顿贝勒医学院儿科
摘要：
背景：出生时建议接种卡介苗(BCG)疫苗的国家出生的患有免疫出生错误(IEI，2017年国际免疫学会联合会将原发性免疫缺陷病更名为免疫出生错误，免疫出生错误是由单基因胚系突变导致编码蛋白表达丧失、功能丧失或功能获得。表现为对感染性疾病、自身免疫性、自身炎症性疾病、过敏性疾病和/或恶性肿瘤的易感性增加。)的婴儿在接种疫苗后有发生感染性并发症的风险。及时诊断这些婴儿的播散性BCG感染至关重要，因为许多婴儿需要干细胞移植(SCT)来进行免疫治疗。在 IEI 患者中，播散性分枝杆菌感染的死亡风险很高，无论是在SCT之前还是之后。
方法：一名7个月大的卡塔尔婴儿在我们机构进行了SCT评估，该婴儿具有IEI纯合IKBKB基因突变。他有复发性肺炎病史，但移植前评估显示支气管肺泡灌洗液、血液和尿液培养阴性。在8个月大时，婴儿出现了病因不明的皮肤结节，需要进一步评估。
注：(A)在住院期间发现的皮肤症状
左后肩(左)可见红斑，下背部(右)出现脓丘疹；住院第36天
(B) 左三角肌(最左)、肩后(中)和右大腿后(远右)有紫色的皮肤结节；大腿远端病变进行皮肤活检
结果： 鉴于患儿严重免疫抑制和广谱抗菌药物的使用，予其行血浆宏基因组二代测序(mNGS)检测并在72小时内鉴定出结核分枝杆菌复合群。进行了皮肤活检，并开始了抗分枝杆菌治疗。3周后从培养物中确认了牛分枝杆菌-BCG。血清肝转氨酶升高和氨基糖苷类药物相关的听力受损使治疗变得复杂。婴儿从移植开始完成了14个月的治疗。SCT后对活动性BCG感染的评估为阴性。
注：入院当天的实验室值
注：入院时影像显示左下叶实变伴胸腔积液
结论：在一个具有独特IEI的婴儿中，血浆mNGS首次诊断了播散性BCG感染。我们相信早期开始抗分枝杆菌治疗可以改善婴儿的临床结果。血浆mNGS检测应被视为SCT前IEI儿童感染性病原体的无创筛查。
注：患者住院时间线，包括关键诊断、治疗、ALT的变化
AMK表示阿米卡星10-20mg/kg/天；
ETH，乙胺丁醇20mg/kg/天；
ETO，乙硫异烟胺10mg/kg/剂量，每日2次；
INH，异烟肼15mg/kg/天；
LEV，左氧氟沙星10mg/kg，每日2次；
LIN，利奈唑胺10mg/kg，每日2次；
PZA，吡嗪酰胺35mg/kg/天；
RIF，利福平25mg/kg/天
移植前3周静脉注射免疫球蛋白
关键词：BCG疫苗；播散性牛分枝杆菌；免疫出生错误
