复旦大学附属中山医院胡必杰教授和复旦大学附属华山医院王明贵教授牵头，组织感染病学、呼吸病学、临床微生物学等领域专家共同撰写首篇《呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识》。共识就呼吸系统感染送检mNGS的临床适应症、标本的选择和报告解读等方面进行了证据总结，给出23条推荐意见，并首次针对呼吸道mNGS结果详述了不同类型标本检出不同微生物的临床意义。以期为呼吸系统感染中mNGS技术临床应用及报告解读提供专业的指导和帮助。
本期时新文献还探讨了《柳叶刀》最新研究，5岁以下儿童因呼吸道合胞病毒引起的急性下呼吸道感染的全球、国家和地区的疾病负担分析。在全球范围内RSV极大的增加了5岁以下儿童的发病率和死亡负担，特别是针对0-6个月儿童和中低收入国家，强调了RSV带来的惊人的疾病负担。
欢迎收看本期时新文献导读！文末附有2021年JCR最新影响因子，敬请查阅。
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呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识
※共识信息
发表时间及杂志：
2022年4月《中华临床感染病杂志》
通信作者：
胡必杰（复旦大学附属中山医院感染病科/医院感染管理科）；
王明贵（复旦大学附属华山医院抗生素研究所）
※背景
宏基因组二代测序(mNGS)已被广泛应用于感染性疾病的病原检测。然而，呼吸系统感染具有特殊性：病原组成复杂、标本类型选择多样、存在感染与定植、不同标本类型结果解读原则不尽相同等。为规范临床送检适应证，选择合适的送检标本以及恰当地解读报告，特组织专家对上述问题进行讨论并撰写专家共识，以期为呼吸系统感染中mNGS技术临床应用及报告解读提供专业的指导和帮助。
※共识内容
本共识从4大方面进行阐述：呼吸系统感染临床送检适应证、标本类型选择、结果解读和mNGS技术在现阶段临床应用中存在的挑战与展望。共识中就如何精准有效地解读呼吸道标本mNGS结果作出了指导，详述了不同类型标本检出不同微生物的临床意义，为广大临床医生在诊疗呼吸道感染患者时提供了依据。
※关键词：呼吸系统感染；宏基因组二代测序；结果解读；专家共识
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2019年5岁以下儿童因呼吸道合胞病毒引起的急性下呼吸道感染的全球、国家和地区的疾病负担分析
※文献信息
发表时间及杂志：
2022年5月《Lancet》
IF：202.73
作者单位：英国爱丁堡大学全球健康中心
※背景
呼吸道合胞病毒(RSV)是儿童急性下呼吸道感染的最常见原因。研究显示在2015年5岁以下儿童中共发生了3310万例RSV相关的急性下呼吸道感染，导致全球共有118200人死亡。本文旨在更新2019年全球、国家和地区5岁以下儿童不同年龄段的RSV相关急性下呼吸道感染发病率和死亡率，重点关注总体死亡率和RSV预防药物针对的较窄儿童年龄组的疾病负担。
※方法
检索2017年1月1日至2020年12月31日发表的论文数据，并纳入RSV GEN合作者的未发表数据。以RSV为主要感染条件，符合的数据包括在社区环境中的急性下呼吸道感染、需要住院的急性下呼吸道感染和至少连续12个月的报告数据。应用广义线性混合效应模型(GLMM)统计2019年全球和地区(按国家发展状况和世界银行收入分类)与RSV 相关的急性下呼吸道感染发病率、住院率和住院死亡率；基于风险因素模型统计了国家层级RSV相关的急性下呼吸道感染发病率。通过开发的新模型，结合最新的RSV社区死亡率数据，统计总体RSV死亡率。
注：2019年统计5岁以下儿童中RSV引起的感染情况分布比率
※结果
共纳入481项研究数据，结果显示在5岁以下儿童中，全球有3300万RSV相关急性下呼吸道感染病例，360万RSV相关急性下呼吸道感染住院病例，26300例RSV相关急性下呼吸道感染住院死亡病例，RSV导致整体死亡人数高达101400例。在0-6个月龄的儿童中，有660万例RSV引起相关性急性下呼吸道感染病例，140万RSV相关性急性下呼吸道感染住院病例，13300例RSV相关急性下呼吸道感染住院死亡病例，总死亡人数45700例。5岁以下儿童中RSV导致的死亡率占2.0%，在28天- 6月龄死亡儿童中有3.6%是RSV所致。在所有年龄组中，95%以上的RSV相关急性下呼吸道感染和97%以上的RSV死亡率均在低收入和中等收入国家。
注：中低收入国家0-6月龄婴儿
RSV相关急性呼吸道感染疾病负担分析
ALRI：急性下呼吸道感染；CFR：病死率；LMICs=低收入和中等收入国家；RSV：呼吸道合胞病毒；UR：不确定地区
※结论
在全球范围内RSV大大增加了5岁以下儿童的发病率和死亡负担，特别是针对0-6个月儿童和中低收入国家。本研究强调了全球范围内RSV疾病惊人的总体死亡率负担，每50名5岁以下死亡儿童中就有1人死于RSV感染，而28天-6个月的儿童每28人中就有1人死于RSV。每1例RSV相关的急性下呼吸道感染住院死亡病例，相对应社区中大约有3例RSV死亡病例。其中针对0-6个月儿童进行保护的RSV被动免疫计划可能对减少RSV疾病负担产生重大影响。
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临床实践中宏基因组下一代测序阴性结果分析
※文献信息
发表时间及杂志：
2022年5月《Front Cell Infect Microbiol》
IF：6.07
作者单位：复旦大学中山医院
※背景
宏基因组下一代测序(mNGS)技术越来越多地应用于临床，为感染性疾病的诊断提供了强有力的工具。临床可参考阳性mNGS结果进行精准治疗，然而目前mNGS阴性结果的作用在临床实践中仍不明确。
※方法
对2019年1月至2019年12月，在复旦大学中山医院进行mNGS检测的1021份标本的结果进行分析。
※结果
本研究共纳入阴性结果样本308份(30.17%)，其中阴性结果最多的样本中是血液(130/308)，其次是组织(63/308)，痰液和支气管肺泡灌洗液(BALF)更易产生阳性结果。与常规微生物检测相比，共发现118份样本存在假阴性结果(mNGS)检测阴性，但在其他样品类型或检测中为阳性)。与培养和涂片相比，mNGS的阴性预测值(NPV)为95.79%[95%CI,93.8%-97.8%]。在未检出病原菌中，分枝杆菌、曲霉和支原体居前3位。
注：mNGS阴性病例分布
注：假阴性结果mNGS未检测到的病原体分布
在本文研究中针对分枝杆菌、曲霉、支原体的检测，传统的T-SPOT、G/GM试验、免疫试验可能更有效果。
※结论
现有数据表明，当mNGS检测结果为阴性时，原始标本的阴性预测准确率较为显著。但在做出诊断之前，应考虑其他实验室检测结果和患者的临床表现综合判断。
※关键词：临床实践；假阴性；mNGS；样本类型；真阴性
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一种DNA包含在代谢活跃的膜结合细胞器中的巨型细菌
※文献信息
发表时间及杂志：
2022年6月《Science》
IF：63.71
作者单位：美国劳伦斯伯克利国家实验室
※摘要
一般细菌的细胞长度约为2 μm，最大可达到750 μm。研究者利用荧光、X射线和电子显微镜结合基因组测序，新鉴定了一种巨型细菌，Candidatus(Ca.)Thiomargaritamagnifica，其平均细胞长度大于0.9 cm，肉眼可见。这些细胞的生长数量级超过目前细菌细胞大小的理论极限，显示出前所未有的多倍性，包含超过50万个拷贝的非常大的基因组，并且经历了染色体不对称分离成子细胞的双态生命周期。这些特征以及被膜结构包裹的基因组和具有翻译活性的核糖体表明了Thiomargarita属谱系的复杂性增加。这一发现颠覆了人们对细菌传统概念的固有认知。
注：Ca. T. magnifica的形态学和超微结构分析
a. 细菌（绿色）和真核（蓝色）生物模型大小比较；
b. 光学显微镜观察Ca. T.magnifica细菌，中央有大液泡和许多球形胞内硫颗粒，基底部分破碎，显示管状形态；
c. X射线断层扫描和激光共聚焦显微镜观察在发育周期不同阶段细胞的3D图像。每根细丝都是一个连续的细胞，无分裂隔膜，只有最顶端的芽（子代细胞）通过闭合收缩与细丝分离。
5
宏基因组下一代测序技术在肺部感染伴胸腔积液中的临床应用与评价
※文献信息
发表时间及杂志：
2022年6月《Infect Drug Resist》
IF：4.00
作者单位：哈尔滨医科大学第二附属医院呼吸与重症医学科
※目的
宏基因组下一代测序(mNGS)是一种新型的病原体检测技术，在临床实践中发挥着越来越重要的作用。本文探讨了mNGS在肺部感染合并胸腔积液患者中诊断价值。
※方法
回顾性分析了2020年8月至2021年10月80例患者的胸腔积液标本，其中mNGS组40例，同时进行培养和mNGS检测；对照组仅进行培养试验。综合检测结果和临床诊断，评估mNGS技术的有效性。
※结果
分析结果显示mNGS的阳性率为70%(28/40)，与培养相比，敏感性为100%(95% CI：29.2-100%)，特异性为64.9%(95% CI：47.5-79.8%)。mNGS的阳性预测值为18.8%(95% CI，13.0-26.3%)，阴性预测值为100%。最常见的潜在病原体是细菌，如链球菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属等。真菌感染多为念珠菌和肺孢子菌。11例患者经mNGS鉴定为混合感染，并根据检测结果调整了治疗方案。mNGS组总住院时间较对照组短。
注：不同感染类型的患者百分比
注：患者临床特点对mNGS检测结果的影响
A-1：发热、低蛋白血症、脓胸对肺部感染mNGS检出率的影响；
A-2：mNGS检测肺部感染合并低蛋白血症的感染类型比例，低蛋白血症可能与肺部真菌感染相关；
B-1：WBC、NEUT%和D-二聚体对肺部感染mNGS检出率的影响；NEUT%和D-二聚体均异常可能与胸腔感染进程相关；
B-2、B-3：NEUT%和D-二聚体异常组中患者的感染类型比例。
※结论
在本研究中利用mNGS检测胸腔积液标本中病原体的阳性率高于传统培养，mNGS技术为临床提供了更多的诊断证据并缩短了患者的住院时间。
※关键词：临床应用；评估；宏基因组下一代测序
-2021年JCR最新影响因子-
