肺炎是世界范围内多发且严重的感染性疾病，为加强对肺炎的预防和治疗，每年的11月12日被确定为世界肺炎日（WorldPneumonia Day）。由重大病原体、新发或罕见病原体感染导致的重症肺炎发病率高，诊断难度大，传播能力强，给感染性疾病诊断治疗、公共卫生防控带来巨大挑战。
2019年底，微远基因先后参与北京鼠疫早期诊断事件和首例新冠病毒发现与分析工作，并在今年辅助临床诊断霍乱、肺炭疽等病例。面对平均1-2年发生一次的重大传染病疫情，今年世界肺炎日微远基因聚焦呼吸道重大病原体诊断，对10月19日【中国mNGS解读联盟云论坛】直播内容进行要点梳理，现与大家交流探讨。
直播回放：mNGS时代再话重大传染病
•呼吸道重大病原体mNGS结果沟通需慎重
“宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识”推荐，针对微生物，考虑出现疑似新发病原体，或某特殊病原体，缺乏传统技术或传统技术手段不能确定种属时，建议常规检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。当感染性疾病患者有特殊区域 (如北美地区有某些致病性真菌) 旅居史，或有特殊职业工作史 (如畜牧业、屠宰业、水产业等)，感染病原未明，建议常规手段检测的同时开展mNGS。
因疑似感染性疾病患者标本存在一定的未知性，而mNGS检测具有广谱全覆盖的特点，在重大病原体诊断方面能够发挥重要价值。然而国内外曾出现将蜡样芽孢杆菌错误鉴定为炭疽芽孢杆菌的案例，重大病原体是否精准鉴定可能会对临床、患者甚至公共卫生方面造成不必要的恐慌甚至产生重大影响。
•mNGS呼吸道样本检出重大病原体后
如何进行技术确认？
在进行重大病原体物种鉴别或确认新发病原体时，序列分析与结果反复确认尤为重要。当预警监测系统提示某样本可能检测出重大病原体(如狂犬病毒、疑似新发病原体)时，建议检测单位启动序列深入分析，包括基因组组装、物种相似性分析、进化分析和蛋白质组学分析等，必要情况下引入鉴定置信度等综合参数辅助判断。
在初步确认检测结果可靠性后，与临床初步沟通疑似病原体检测结果。同时为临床上报疾病预防控制中心等相关单位提供数据支撑，有必要时进行样本已抽提核酸的再次检测，充分确认序列可靠性后出具附加病原体序列数据、基因组数据的特殊报告。
•mNGS呼吸道样本检出重大病原体后
该如何沟通？
在过往的几年中，针对重大病原体检测、确认、沟通、上报，微远基因已形成成熟的处理流程。在回报检测结果或出具科研报告时，建议检测方具备微生物学与mNGS技术背景相关专业人员与临床医生电话或当面充分沟通交流。除了解患者病史、其它检测检测结果、影像学等多维度信息外，尤其建议临床对相关流行病史充分问询（如疫源地旅居史、动物接触史、野外游玩史等）。
建议在相关部门指导下使用其它方法学再次验证确认mNGS检测结果，综合临床表现协助医生作出最终诊断，并依据传染病相关条例采取隔离、消杀等措施保证相关医护人员、样本运输与转运人员等系列生物安全问题。
mNGS检出重大病原体解读要点
①随着技术的不断发展与优化，mNGS有望作为新的检测平台提高重大传染病诊断能力，拓展人类对传染病的认知，但技术确认需审慎；
②mNGS技术解读需要在检验方充分确认序列可靠性的情况下（排除试剂、操作、实验室等方面引入）如实呈现检测结果，由具备相关背景（微生物学与mNGS技术背景）的专业人员通过电话或当面进行沟通，必要情况下出具科研报告；
③mNGS临床解读需注意对病原体进行充分认知，建议进行相关流行病史问询（如疫源地旅居史、动物接触史、野外游玩史等），有条件使用其它方法学再次验证确认，综合临床表现作出最终诊断并依据传染病相关条例采取隔离等措施。
