作为病原宏基因组学检测技术最后的黑匣子，生物信息分析逐渐进入各位临床工作者的讨论话题中。病原宏基因组生物信息分析的每一步在做什么？为何不同单位生信分析会出现不同结果？原因在哪儿？该如何评估？ 9月底，首都医科大学附属北京同仁医院鲁辛辛教授及中国人民解放军总医院第一医学中心王成彬教授于中华检验医学杂志发表全国首篇病原宏基因组生信专家共识，文末对微远基因CEO李永军先生和生信科学家杨斌博...
mNGS生信专家共识解读系列来到了最后一章，本章主要阐述病原宏基因组建设需要的硬件和软件要求。同时回顾前两章重点内容。本共识解读系列目的是尝试将宏基因组生物信息学中枯燥的概念具象化和图像化，降低由于专业跨度等原因造成的理解难度，并针对一些在临床使用中容易出现歧义的概念进行讨论和分析。同时细化补充mNGS生信共识由于篇幅限制等因素没有展开的内容。期待本共识解读系列能吸引未来有更多临床医生和检验...
近日，首都医科大学附属北京同仁医院鲁辛辛教授及中国人民解放军总医院第一医学中心王成彬教授于中华检验医学杂志发表全国首篇病原宏基因组生信专家共识，文章一经发表受到了各位临床与检验专家/工作者的关注。微远基因CEO李永军先生和生信科学家杨斌博士参与共识讨论。 为进一步探寻mNGS生物信息学分析中重要基本概念、各参数设置初衷与指导意义，分析...
为了解国内高通量测序技术的宏基因组学(mNGS)检测实验室检测现状及质量状况，2021年初，国家卫生健康委临床检验中心开展了全国下呼吸道感染宏基因组测序室间质量评价活动，要求各实验室使用日常所用试剂和流程进行检测并回报检测结果，调研结果发表于Journal of Advanced Research（IF=10.5）杂志。国家卫生健康委临床检验中心韩东升博士为文章第一作者，张瑞教授，李金明教授...
mNGS专家共识深度解读2020年11月15日，“中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识” 在《中华传染病杂志》发布。共识由来自全国18家单位的共22位编写专家组成员讨论撰写。复旦大学附属华山医院张文宏教授为通讯作者。 编者团队通过对共识的仔细研读，结合现阶段mNGS的应用进展，对共识做出深度解读并制作PPT，与您共享~
2月底，北大人民医院王辉教授等于《中华检验医学杂志》发表宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识，受到了临床与检验专家的热烈反馈，为加深临床对mNGS技术的深入了解，微远基因联合中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会，开展为期5期的mNGS共识解读系列活动： 本期【通用篇】共识解读围绕mNGS基本概念术语展开分享，期望向临床...
3月31日晚，由东南大学附属中大医院邱海波教授、北京大学人民医院王辉教授主持，上海市肺科医院徐金富教授、广州医科大学附属第一医院卓超教授在京港感染论坛进行了精彩分享，围绕共识中的推荐意见，深入挖掘并探讨了mNGS临床适应证与报告解读。实时在线学习人数达3200+。
3月31日晚，由同济大学附属东方医院南院吴文娟教授、广东省人民医院顾兵教授主持，中国人民解放军总医院第一医学中心杨继勇教授、北京大学人民医院陈宏斌博士、微远基因研发总监曾伟奇博士在京港感染论坛进行了精彩分享，与会大咖们理论结合实战，围绕mNGS技术问题进行了深入探讨，实时在线学习人数达2000+。欢迎复制以下链接至电脑端，观看直播回放：http://www.cpam-cmi.com/arti...
病原宏基因组学(mNGS)已经成为“疑难、危重、特殊”感染患者，寻找病原学证据的重要检测方法。但是，传统的mNGS仍面临着对于低载量病原体和高人源核酸背景样本检测灵敏度受限的问题。 探针捕获是一种普适、高效的目标核酸富集方法，在肿瘤NGS领域有广泛的应用。本期mNGS文献周报解读的研究通过研发一套探针设计算法，针对上百种已知的病毒基因组，设计病毒的捕获探针集，并应用于未知感染样本的病原学诊断...
红色警戒，审慎出击。2022世界脑炎日(World Encephalitis Day)，微远基因伴您同行。在这“柳絮轻扬，春风拂面”的季节里，感染性脑炎可能伺机而动，是神经系统最常见的急危重症之一，年发病率约为12.6/100,000，5-26%的患者有神经系统后遗症，死亡率高达5-10%的。40%-50%的已知原因的病例可归因于感染，其中，病毒是最常见的原因，其次是细菌。自身免疫性脑炎(...
随着mNGS技术的广泛应用，mNGS检测潜在临床适应症有哪些、选择什么样本类型送检、如何更进一步规范检测流程成为临床规范化送检mNGS更加重视的问题。因此，本期文献周报深入解读一篇批判性地评估临床研究和病例报告的文章，总结不同样本类型mNGS检测性能，识别患者特征和临床指征，明确方法学优势，并确定其局限性。另外，还对mNGS的整体临床应用提出早期建议，并强调了脑脊液、血浆、下呼吸道分泌物...
本期文献周报特约点评专家随着基因测序技术兴起，感染性疾病诊断技术也从单一依靠涂片、培养等传统检测手段逐渐转向基于基因的分子生物学诊断。如第二代基因测序(又称为高通量测序或NGS)，其高通量特点打破一次测序只能测定一条序列的限制，并且因为病原覆盖广和高准确性等优点，广泛应用于基因组测序和转录组测序，为临床病原体快速诊断提供直接证据，已成为复杂感染性疾病诊断不可或缺的工具。此外，第三代基因测序(...
儿童中枢神经系统感染具有较高的发病率和死亡率，不同病原体感染的患儿其临床特征各异，因此病原体的识别对于患儿治疗方案管理和疾病进展监测具有非常重要的指导意义。然而培养和PCR等常规微生物检查方法不能识别所有病原体，如高达40%脑炎患儿病因不明1。mNGS直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，理论上可检测样本中几乎所有的病原微生物，可作为常规微生物检查的补充手...
2022年3月《中华实用儿科临床杂志》发表了《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》，共识中提到“对于儿童呼吸道感染，对于病因不明、病情危...
-本期特邀共识撰写专家点评- 谢正德 教授首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所感染与病毒研究室主任中科院“儿童危重感染诊治”创新单元主任中华医学会儿科学分会儿童感染学组副组长中华医学会医学病毒学分会临床病毒学组副组长中国医疗保健国际交流促进会理事 急性呼吸道感染是全球范围内儿童最常见的感染性疾病之一，也是造成5岁...
