新生儿感染性疾病是全球新生儿死亡的重要原因之一，由于新生儿免疫系统不成熟，其致病因素较成人更为复杂，且病情隐匿不典型。因此快速明确病原体对疾病的诊治、减少患儿并发症和降低死亡率具有重要意义。宏基因组二代测序技术因其具有无偏移、广覆盖和敏感性高等特点，在新生儿感染性疾病领域具有独特的技术优势和广阔的应用前景，但现阶段在新生儿重症监护病房(NICU)如何规范的应用mNGS，是临床十分关心的问...
儿童作为特殊群体，各器官功能尚未发育完善，免疫功能低下，容易受各种病原体侵袭，是各种感染的高危人群。因此，尽早明确感染病原体，有助于准确选择靶向有效药物针对性治疗，对于减少并发症及改善预后具有重要意义。基于非培养的病原宏基因组学技术，给感染性疾病的诊断带来了重大变革，在检测周期、检测精准度方面都有明显提升，给临床提供了非常有价值的诊断工具。 目前mNGS应用于临床的研究多限于成人，涉及儿童...
汉坦病毒(HV)是重要的人畜共患病病原体之一，人感染后可导致严重疾病，根据临床表现不同分为肾综合征出血热(HFRS)和汉坦病毒心肺综合征 (HCPS)。其中，HFRS多发于欧亚大陆，而HCPS多发于美洲地区。中国是全球 HFRS 发病率和死亡率最高的国家，每年约有 2-5 万人感染，约占全球病例总数的 90%1。 HFRS的典型临床表现包括发热、出血、休克和肾损害。HFRS的病死率为5-...
国家流感中心发布的全国流感监测信息显示[1]，6月份以来南方部分省份进入流感高发期，流感是流感病毒引起的对人类健康危害较重的呼吸道疾病，全球每年有近10%的人口受流感影响，约有50万人死于流感[2]。流感病毒主要通过飞沫传播，也可通过口腔、鼻腔、眼睛等黏膜直接或间接接触传播等。 流感病毒主要分为甲型、乙型、丙型和丁型4种，其中甲型及乙型流感病毒是引起每年季节性流行的“罪魁祸首”。在我国流感...
呼吸系统感染存在病原组成复杂、标本类型多样、存在感染与定植、不同标本类型结果解读原则不尽相同等特点，快速、精准的病原诊断技术对呼吸系统感染性疾病诊治具有重要意义。宏基因组二代测序技术(mNGS)目前已被广泛应用于临床感染性疾病的病原检测，临床送检适应证不明，检测质量参差不齐，报告解读也缺乏标准，如何规范mNGS技术在呼吸系统感染性疾病中的临床应用及精准地解读呼吸道标本mNGS...
多种病毒初次感染后可在宿主细胞内潜伏，典型的例子是疱疹病毒科的成员，它们在神经元 (VZV、HSV-1、HSV-2)、B 细胞(EBV))或骨髓细胞(CMV)内处于休眠状态[1]。一旦患者处于免疫抑制状态时，原本处于休眠状态的病毒能够响应触发因素重新被激活。一项前瞻性队列研究表明[2]，在患有脓毒症的非免疫功能低下患者中可检测多种DNA病毒，如EBV(53.2%)、CMV(24.2%)、H...
许多感染性疾病(例如25%-50%的急性下呼吸道疾病)病因不明，原因之一可能是由于常规诊断方法有限。下一代测序(NGS)在病毒检测和分析方面具有显著的优势：可以获得全基因组序列，且无需预设。然而，NGS面临的最大挑战之一是临床标本中存在的病毒核酸量相较宿主和其他微生物较低，直接针对病毒检测仍然缺乏足够的敏感性。为了提高由NGS获得的病毒序列比例，既往尝试过几种非特异性的病毒富集技术，效果均...
脑炎主要分为感染性脑炎与自身免疫性脑炎两大类，而病毒感染是感染性脑炎的主要病因之一。引起病毒性脑炎的病原体种类繁多，如疱疹病毒、黄病毒和肠病毒等。面对如此之多的病原体，脑炎的病因诊断对后续治疗决策至关重要。北京协和医院关鸿志教授在《中华神经科杂志》发文，就病毒性脑炎的临床分型、确诊实验与诊断标准、病毒性脑炎的临床特点及诊治等方面进行了详细的阐述，并强调了PCR、mNGS等核酸检测及血清学检...
呼吸系统感染存在病原组成复杂、标本类型多样、存在感染与定植、不同标本类型结果解读原则不尽相同等特点，快速、精准的病原诊断技术对呼吸系统感染性疾病诊治具有重要意义。宏基因组二代测序技术(mNGS)目前已被广泛应用于临床感染性疾病的病原检测，临床送检适应证不明，检测质量参差不齐，报告解读也缺乏标准，如何规范mNGS技术在呼吸系统感染性疾病中的临床应用及精准地解读呼吸道标本mNGS结果已成为临床...
每年9月13日是世界脓毒症日(WSD)，今年是世界脓毒症日十一周年。长期以来，脓毒症相关研究主要集中在细菌性脓毒症，但实际上高达42%的脓毒症患者的培养结果是阴性，在排除实验室误差情况下仍提示有很多非细菌性脓毒症的可能[1]，但临床上最终诊断为病毒性脓毒症的仍是少数。病毒性脓毒症可由多种病毒引起，最常见的是HSV、肠道病毒、HPev、流感病毒、腺病毒等。高风险人群是幼儿、孕妇、老年人和免疫抑...
目前已知造成脑炎/脑膜炎的病因中，有40%-50%是由感染引起的，有20-30%是由自身免疫机制介导的，仍有部分脑炎/脑膜炎病因不明[1]。及时准确地识别病因对于有效治疗脑炎/脑膜炎至关重要。与传统病原检测技术相比，mNGS可提高中枢神经系统感染的诊断率，进一步优化感染性脑炎/脑膜炎的诊断策略。广谱CBA和TBA的联合检查是目前诊断自身免疫性脑炎的有力工具。因此，将感染性病原体核酸扩增检测与...
血流感染是严重的全身感染性疾病，严重威胁患者生命。为规范血流感染临床检验路径，实现精准诊疗，《中华传染病杂志》最新发布《血流感染临床检验路径专家共识》。共识针对血流感染的流行病学、风险分级的诊断流程、检验技术评价、检验路径、报告出具及结果解读等方面进行了综合分析，并建议针对疑似真菌性、病毒性和高度怀疑合并严重脓毒症患者在送检血培养的同时联合送检基于核酸检测的病原体快速鉴定。 此外，本期时新...
mNGS相比传统培养方法拥有更高的敏感性，但这也带来了另一个问题—污染。mNGS检测的各个环节都可能引入内部或外部来源的污染，污染来源主要包括实验耗材、环境(包括空气环境)、实验技术人员皮肤、实验操作、甚至同批次强阳性样本中微生物导致的污染等，如何减少污染对结果产生的负面影响，对于识别真正的责任病原体至关重要。 本期文献解读介绍一篇病毒mNGS中的污染问题、解决方案和临床展望的综述，该综述...
毛霉菌病是一种由毛霉菌目真菌引起的血管侵袭性真菌感染，其发病率正在上升。毛霉菌可通过吸入、摄入被污染的食物或破损的皮肤进入易感宿主，这些途径导致了鼻-眶-脑、肺、胃肠道或皮肤/伤口感染，甚至引起播散性感染。毛霉菌病最常见的易感因素包括糖尿病、血液恶性肿瘤、实体器官或干细胞移植、中性粒细胞减少、糖皮质类固醇的使用等。 尽管毛霉菌病有内科和外科治疗，但死亡率仍然很高。 局部感染病死率20%~5...
造成脑炎/脑膜炎的病因中，约20~30%是由自身免疫机制介导，40~50%是由感染引起。尽管有非常多的检测方法，但仍有40-60%的脑炎或脑膜炎患者未能明确病因。在感染的诊治中，病毒检测依赖于以PCR为主的核酸检测技术，其检测性能受限于靶标预设的准确性和病原体核酸载量的高低。 无偏性mNGS检测技术的出现为解决这类问题带来曙光，其打破了预设靶标的限制，全面覆盖新发/罕见病原体，但在临床实践...
